Fråga:
LC-MS: Kan en "dålig" topp fortfarande tolkas
HarD
2016-06-08 22:29:15 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag har gjort en icke-riktad metabolomikstudie med LC-MS. Det finns en topp som matchar en biologiskt relevant förening men analyt elueras i början av LC-körningen och toppformen är långt ifrån idealisk.

Antar jag att toppen är en artefakt, eller kan jag säga att det finns en förening med det m / z i mitt prov? Helst skulle jag köra experimentet igen med standarder, men jag kan inte göra det på grund av tidsbegränsningar. Någon annan kommer att följa upp de intressanta föreningarna som jag har identifierat och jag skulle inte vilja skicka dem i fel riktning.

Nedan är toppen i fråga, och efter det är ett exempel på en "bra" topp från samma dataset.

Bad peak

Good peak

Ett svar:
Curt F.
2020-06-11 20:51:56 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Detta är data av låg kvalitet. Det är väldigt svårt att säga om denna signal är meningsfull av flera anledningar.

  1. Den visas så snart LC-MS börjar spela in data vid mycket låga retentionstider. Det betyder att det kan vara en artefakt av kolonnregenerering. Det finns inget tecken på att data innehåller en "tomrumsvolym" -topp, vilket betyder att det är oklart om låg-RT-signalen kommer från provinjektion, från föregående prov eller någon annan artefakt.

  2. Du säger inte om du har randomiserat provinjektionsordningen. Därför kan skillnaderna mellan de röda och svarta uppsättningarna av prover uppstå på grund av förändrade förhållanden i LC-MS-instrumentet över tid (t.ex. kolonnfouling, provåldring i autosampler) eller på grund av legitima skillnader i proverna som är biologiskt meningsfulla. p>

  3. Du visar inte hela masspektrumet för din föreslagna analyt, så det är möjligt att den enda m / z du visade här har ett isotopmönster som överensstämmer med din analyt eller inkonsekvent med det.

Så att svara på dina frågor:

  1. Det är i princip fel på baserad på information presenterad för att hävda att du upptäckte en "biologiskt intressant" metabolit på grundval av den information som presenterades.

  2. Det gränsar också till vilseledande att säga att du upptäckte "en molekyl "med den givna m / z alls. Du kanske kan säga att du upptäckte en okänd signal vid m / z för xyz och är osäker på dess ursprung. Det handlar om det.



Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...